在第一季结尾，无人车站连接了生者与亡者的秘密被揭开。第二季中，车站的管理员小夜继续守护着这座车站，但一股新的黑暗力量开始侵蚀车站的结界，导致亡灵无法安息。与此同时，一位自称来自“末班车”的神秘乘客出现，他带来了关于小夜身世的重大线索。奇幻治愈悬疑温情，这一季将揭开车站的起源和最终的命运。
深夜，一列从未见过的黑色列车停靠车站，下来一位白衣男子，他直呼小夜的名字，说她是车站的“钥匙”。
车站的结界出现裂缝，恶灵趁机涌入，小夜与白衣男子联手修复，却意外发现裂缝与自己的心跳同步。
小夜通过列车进入亡者记忆之海，看到百年前一场大火中，一个女婴被车站初代管理员救下，那个女婴就是她自己。
白衣男子坦白，他是小夜失散多年的哥哥，当年为了封印黑暗力量，他甘愿成为末班车的囚徒，如今封印即将失效。
小夜面临选择：献出自己的力量加固封印，还是追随哥哥离开车站？她想起无数乘客的温暖告别，决定留下。
小夜和哥哥合力用血脉之力重铸结界，车站恢复了平静，但哥哥化作星光消失，小夜继续守护车站，等待着下一次重逢。